Teilprojekt B4

Kurze Zusammenfassung

Es gibt vielfältige Hinweise, dass aberrante epigenetische Chromatinmodellierungen und die dadurch veränderte Promotorakzessibilität für Transkriptionsfaktoren an der Pathogenese maligner Tumoren und deren spezifischer biologischer Charakteristika beteiligt sind. Durch eine genomweite Erhebung epigenetischer und Transkriptionsfaktor-Bindungsprofile von klassischen Hodgkin-Lymphomen (cHL) und diffusen großzelligen B-Zell-Lymphomen (DLBCL) soll geklärt werden, ob diese Profile die ausgeprägte Transdifferenzierung des cHL erklären und zur Identifikation neuer Subgruppen innerhalb der DLBCL beitragen können.

Ausführlichere Zusammenfassung

Hintergrund: Epigenetische Modifikationen verändern die Akzessibilität der DNA-Bindungsstellen für Transkriptionsfaktoren (TF) und sind daher maßgeblich an der (Trans-) Differenzierung von B-Zellen und der Pathogenese von malignen Lymphomen beteiligt. Wichtige Gene für die Initiierung und Aufrechterhaltung der B-Zell-Identität sowie Initiierung der Differenzierung von B-Zellen zu Plasmazellen sind PAX5 und IRF4. PAX5 wird in frühen und allen reifen B-Zellen exprimiert und wird erst bei der Differenzierung zu Plasmazellen abgeschaltet. Im Gegenzug kommt es bei der plasmazellulären Differenzierung zu einer Expression von IRF4. Eine Ko-Expression von PAX5 und IRF4 ist in normalen B-Zellen oder Plasmazellen nicht zu beobachten. Eine solche Ko-Expression findet sich aber in über 90% der klassischen Hodgkin-Lymphome (cHL) und in ca. 50% der diffusen großzelligen B-Zell-Lymphome (DLBCL), obwohl beide einen völlig differenten Phänotyp aufweisen. Während das B-Zellexpressionsprogramm beim cHL fast vollkommen ausgelöscht ist, ist dieses beim DLBCL weitgehend bewahrt.

Ziele: Ziel dieses Teilprojektes ist die Erhebung des genomweiten Histon 3 (H3)-Azetylierungs-, H3-Methylierungs- und des DNA-Methylierungsmusters sowie des genomweiten Bindungsprofils von PAX5 und IRF4 beim cHL und DLBCL im Vergleich zueinander und zu normalen B-Zellen und Plasmazellen. Wir erwarten von dieser Analyse tiefere Einsicht in die Ursachen bzw. Mechanismen für den Verlust der B-Zell-Identität beim cHL, der aberranten Genexpression beider Lymphomkategorien sowie eine Pathway-basierte Identifikation von biologisch relevanten Subgruppen beim DLBCL.

Techniken: Für die Erstellung der epigenetischen und TF-Bindungsprofile soll eine genomweite ChIP-on-Chip-Technologie verwendet werden. Die Validierung dieser Affymetrix Promoter Tiling Arraydaten erfolgt mittels Real-Time DNA-PCR. Die Expression von Kandidatengenen wird mittels Immunhistologie bzw. in-situ-Hybridisierung an Schnitten oder mittels Real-Time RT-(reverse Transkriptase) PCR mit RNA aus primären Gewebeproben bestimmt. Deren funktionelle Analyse erfolgt durch Überexpression (Transfektion) oder Suppression (RNA-Interferenz, RNAi) in geeigneten Zelllinienmodellen.